🚀 Guia de Instalação - Máquina Monster (128 cores + 256GB RAM)¶

📋 Pré-requisitos¶

SO: Linux (Ubuntu/CentOS/RHEL)
Hardware: 128+ cores, 256GB+ RAM
Espaço: 5TB+ livre
Rede: Conexão estável para downloads

🔧 Instalação Passo a Passo¶

1. Transferir Arquivos para Monster¶

# Na sua máquina local, compacte os arquivos:
tar -czf genomics.tar.gz genomics src configs docs scripts pyproject.toml setup.py README.md

# Transfira para a monster:
scp genomics.tar.gz usuario@monster:/home/usuario/

# Na monster, extraia:
ssh usuario@monster
cd /home/usuario
tar -xzf genomics.tar.gz
cd genomics

2. Instalar Conda/Mamba¶

# Torna script executável
chmod +x scripts/env/install_conda_universal.sh

# Instala conda/mamba automaticamente
./scripts/env/install_conda_universal.sh

# Reinicia terminal ou carrega configurações
source ~/.bashrc

3. Instalar Ambiente Genomics¶

# Torna scripts executáveis
chmod +x scripts/env/*.sh scripts/ops/*.sh scripts/maintenance/*.sh

# Instala ambiente genomics
./scripts/env/install_genomics_env.sh

# Instala VEP
source scripts/maintenance/vep_install.sh

4. Configurar Sistema Monster¶

# Otimiza sistema para 256GB RAM
./scripts/ops/setup_monster_256gb.sh

5. Testar Instalação¶

# Testa ambiente
source scripts/env/start_genomics_universal.sh

# Verifica ferramentas
bwa-mem2 version
samtools --version
bcftools --version
vep --help | head -10

🚀 Execução¶

Execução em Background:¶

./scripts/ops/run_monster_background.sh

Monitoramento:¶

./scripts/ops/monitor_monster.sh

🔧 Troubleshooting¶

Se conda não for encontrado:¶

# Verifica instalação
ls -la ~/miniforge3/
which conda

# Recarrega configurações
source ~/.bashrc

Se ambiente genomics não existir:¶

# Lista ambientes
conda env list

# Recria ambiente
./scripts/env/install_genomics_env.sh

Se VEP não funcionar:¶

# Reinstala VEP
source scripts/maintenance/vep_install.sh

# Verifica cache
ls -la /dados/vep_cache/

📊 Performance Esperada¶

Máquina Monster vs Normal:

Etapa	Normal (16 cores)	Monster (128 cores)	Speedup
Download	2-4h	30-60min	4-6x
Alinhamento	6-8h	45-90min	6-8x
Variant Calling	4-6h	30-45min	8-10x
VEP	8-12h	60-90min	6-8x
Total	20-30h	3-4h	6-8x

💾 Uso de Recursos¶

RAM (256GB): - Alinhamento: ~150GB - GATK: ~128GB heap - VEP: ~50GB cache - RAM disk: ~128GB

CPU (128 cores): - 96 cores alinhamento - 32 cores variant calling - 96 cores VEP

Disco: - Base: ~3TB (dados 30× completos) - Temp: ~1TB (RAM disk) - Cache: ~30GB (VEP)

🎯 Configurações Específicas¶

Para máquinas com diferentes specs:

64 cores + 128GB RAM:¶

aln_threads: 48
bcf_max_parallel: 16
vep_fork: 48
hc_java_mem_gb: 64

32 cores + 64GB RAM:¶

aln_threads: 24
bcf_max_parallel: 8
vep_fork: 24
hc_java_mem_gb: 32

🆘 Suporte¶

Se encontrar problemas:

Verifique logs: tail -f pipeline_monster_*.log
Monitore recursos: htop
Verifique espaço: df -h
Teste ferramentas: source scripts/env/start_genomics_universal.sh